Makoto Yuuki é o protagonista de Persona 3. Ele é um estudante transferido que ingressa na Escola Gekkoukan, em Iwatodai City. Orfão desde pequeno, seus pais morreram há uma década no acidente fatal da Ponte Moonlight, quando seu carro se envolveu num desastre. No início da história ele muda para o dormitório e descobre sua habilidade de invocar Personas quando a residência é atacada por Sombras durante a Hora Negra.

Mitsuru o convoca para integrar os SEES e, ao longo do jogo, Makoto assume o papel de líder da equipe em combate. Ele se destaca entre os companheiros porque pode carregar vários Personas e trocar entre eles no meio da batalha. Além disso, é o único membro com acesso à Sala Velvet. Embora sua Persona inicial seja Orfeu, ele consegue acessar mais de 150 Personas diferentes por meio de fusões e outros métodos.

Soejima dedicou mais tempo ao design do personagem principal do que a qualquer outro, pois os demais personagens foram criados para complementar seu projeto. Em *The Art of Persona 3*, Soejima escreveu: “Inicialmente, ele parecia mais honesto, como um jovem comum e bonito. Mas eu trabalhei para alcançar maior ambiguidade em sua expressão.”