Junpei Iori é o melhor amigo do protagonista, embora os dois se encontrem em desacordo com frequência. Ele interpreta o palhaço da turma para disfarçar suas inseguranças. A arma escolhida por Junpei é uma espada de duas mãos que ele empunha como um taco de beisebol. Suas Personas se destacam em ataques físicos e em festas, além de poderem lançar magia de fogo fraca.

Junpei entra no SEES logo no início do jogo. Foi encontrado chorando numa loja de conveniência durante a Hora Negra, sem perceber que tinha potencial para chamar uma Persona até que Akihiko lhe contou sobre isso. Sua decisão de se juntar ao SEES foi rápida; ele imediatamente mudou-se para o dormitório deles, muito ao desânimo de Yukari.

Em Persona 3: FES, revela‑se que Junpei conheceu Koromaru quando fugiu de casa, em especial do pai alcoólatra. O designer de personagens Shigenori Soejima afirmou que Junpei é “o personagem mais importante para fazer o jogador acreditar na história”, pois entre os protagonistas ele parece e age como um adolescente comum.