O protagonista recebe o nome escolhido pelo jogador no jogo original, mas é chamado Souji Seta na adaptação em mangá e Yuu Narukami no anime. Ele possui cabelo prateado, com um corte que lembra a forma de uma tigela. É retratado como distante, porém amigável; solitário, com visão pessimista da vida devido à necessidade constante de se mudar por causa das carreiras dos pais.

No início do jogo, ele se muda para o interior, onde vive com tio e primo por um ano, e frequenta a Yasogami High School, compartilhando sala com Chie, Yousuke e Yukiko. A trama de Persona 4 começa quando o protagonista encontra Igor e Margaret na Sala Velvet, que aparece como uma limusine em meio à névoa espessa; a forma da Sala Velvet muda conforme quem a visita.

A primeira Persona do protagonista, Izanagi do Louco Arcana, veste um longo casaco reminiscentes de bancho japonês e empunha o Amenonuhoko, lança com lâmina semelhante a uma faca de combate. Posteriormente, essa Persona evolui para Izanagi-no-Okami do Arcana Mundial, o mais poderoso Persona do jogo.

O protagonista também possui habilidade única de trocar Personas, semelhante aos protagonistas dos jogos anteriores da série; porém, sem o poder da Morte em suas mãos, ele não pode usar feitiços de fusão como o Protagonista de Persona 3.