Manaphy é um Pokémon pequeno, de tonalidade azul e natureza aquática, com pés desleixados e braços de madeira que ultrapassam o comprimento do corpo. No peito ostenta uma joia vermelha acompanhada por um ponto amarelo logo abaixo. Sua cabeça em formato de cebola abriga um par de antenas azuis longas, terminando em pequenas esferas. As íris são azul escura com escleras amarelas, e dois pontos amarelos marcam a extensão dos olhos. Oitenta por cento do corpo de Manaphy é composto por água. É extremamente sensível ao ambiente e não consegue percorrer grandes distâncias para voltar ao seu berço. Ao nascer, já possui um poder especial que lhe permite se unir a qualquer Pokémon. Manaphy tem a habilidade de alterar a perspectiva das pessoas e dos Pokémon entre si, utilizando o antigo movimento Heart Swap.