O Coronel Kunugi lidera a TERRA. Assombrado por seu passado, ele foi o responsável direto pela morte de sua filha na Primeira Guerra Mundial, fato que levou ao divórcio com a esposa. Pouco amigável com os subordinados e tolerante apenas com Ayato, ele mantém amizade com vários influentes do projeto RahXephon, inclusive o Professor. Para Kunugi, Quon representa uma espécie de filha substituta. Mesmo assim, suas ações passadas motivam-no a buscar redenção e impedir que repita seus erros de forma determinada.