Shinomori Aoshi nasceu como ninja do clã Oniwabanshū e serviu ao governo do xogunato durante o período Edo. Desde a infância ele treinou Makimachi Misao junto aos membros da equipe. Após a revolução, quando alguns integrantes não conseguiram se adaptar à era Meiji, Aoshi passou a trabalhar para Takeda Kanryū, um empresário corrupto e ambicioso por poder. Entre seus subordinados estavam Beshimi, mestre em dardos e venenos; Hyotoko, cujo nome significa literalmente Homem de Fogo, que usava dentes de pedra e aço para lançar chamas; Han, artista marcial habilidoso e praticante de ninjutsu; e Shikijou, um homem musculoso.
Aoshi permanece um enigma: raramente demonstra emoções, seja em batalha ou fora dela. No início da série ele empunhava apenas um kodachi combinado com artes marciais. Contudo, após ser derrotado por Himura Kenshin na mansão de Kanryū, dedicou-se à vingança pelos companheiros caídos. Quando reaparece, usa dois kodachis e parece ter abandonado qualquer emoção para matar Himura. Eles se enfrentam na mansão de Shishio Makoto para resolver as contas; durante a luta Aoshi percebe seus erros e acaba se tornando um aliado.