Depois da morte de Yukishiro Tomoe, Himura Kenshin tornou‑se um espadachim livre para proteger os membros do Ishin Shishi. Makoto Shishio assumiu seu posto como a sombra hitokiri (assassino) e foi responsável pelo assassinato de Izuka, o homem que havia traído o Shishi. O futuro governo Meiji mantinha informações mais secretas sobre Shishio do que sobre Kenshin; muitos membros dos clãs Chōshū e Satsuma – futuros integrantes do regime Meiji – conheciam muito pouco dele.

Posteriormente, o novo governo acreditou ser melhor eliminar Shishio antes que ele se tornasse demasiado poderoso, pois ansiava por poder. Assim, durante a Guerra Boshin, Shishio ficou inconsciente após vários tiros, foi imerso em petróleo e queimado vivo pelos Shishi Ishin. Ele sobreviveu, mas com danos severos no corpo.

Depois disso, reuniu um grupo dos melhores lutadores do Japão, chamado Juppongatana (Dez Espadas), para derrubar o governo Meiji. Shishio imaginou governar o país segundo os princípios da seleção natural – “os fortes comem os fracos”. Usando essa crença, lançou uma campanha contra o regime Meiji, pois via‑o como muito fraco para liderar efetivamente a nação. Com seu lema, moldou um discípulo ideológico, Seta Sojirō, que serviu como seu braço direito e era o mais forte dos Juppongatana. Planejou fortalecer a economia com petróleo quando assumisse o poder.