Na história, Hanzō nasceu filho de Hattori Yasunaga, um samurai de menor patente que servia ao clã Matsudaira (posteriormente Tokugawa). Mais tarde ele recebeu o apelido de Oni no Hanzō devido às táticas destemidas que demonstrou em suas operações, para diferenciá‑lo de Watanabe Hanzō (Watanabe Moritsuna), chamado Yari no Hanzō. Embora tenha nascido e crescido na província de Mikawa, ele frequentemente retornava à Iga, onde a família Hattori tinha origem.

Sua primeira batalha ocorreu aos 16 anos, quando atacou o castelo de Udo durante a noite; depois serviu com distinção nas batalhas de Anegawa (1570) e Mikatagahara (1572). Sua contribuição mais valiosa surgiu em 1582, após a morte de Oda Nobunaga: ele conduziu Tokugawa Ieyasu, futuro xogum, à segurança na província de Mikawa atravessando o território de Iga com a ajuda dos remanescentes dos clãs ninjas locais e também de seus rivais em Koga. Algumas fontes afirmam que Hanzō ajudou a resgatar a família capturada de Ieyasu.

Na série, ele é retratado como antagonista da trama, sendo o principal membro da equipe assassina formada após a morte do pai de Sasuke. Como na história real, ele disse que servia ao Matsudaira.