Yuuji Sakai, principal protagonista masculino da história, é apenas um estudante médio do ensino‑médio. No entanto, seu mundo vira de cabeça para baixo quando descobre que já está morto e não tem muito tempo antes de desaparecer.

Felizmente, Yuuji é um Mystes que contém um tesouro conhecido como Reiji Maigo. O tesouro dentro dele restaura seu Poder de Existência toda noite à meia‑noite. Com o Reiji Maigo, Yuuji pode viver como um humano comum, desde que tenha certeza de que seu Poder de Existência não acabará antes da meia‑noite.

Mais tarde, ele começa a aprender a usar o potencial ainda inexplorado do tesouro mantido dentro dele. Ele se preocupa profundamente com Shana, mas não faz nenhum avanço em seu relacionamento devido aos seus sentimentos de inferioridade como uma Tocha e por ver Shana como alguém que está além de seu alcance.

Ele também começa a ver Shana sob sua antiga perspectiva do mundo, onde ele é apenas uma Tocha e ela é apenas uma Flame Haze. Com isso acontecendo, ele se distanciou da proximidade que os dois originalmente compartilhavam anteriormente.

Yuuji é uma pessoa gentil que coloca os outros antes de si mesmo. Isso muitas vezes atrai muita confusão e aborrecimento de Shana, já que tochas anteriores da experiência de Shana exibiram atitudes egoístas.

No entanto, a compaixão e empatia de Yuuji semeiam as sementes da atração entre ele e Shana. Ele aceita seu destino sem sentimentos ruins, uma característica que surpreendeu o Caçador de Olhos Queimados, sabendo que a maioria das Tochas ficaria deprimida a ponto de cometer suicídio antes de sua existência passar.

Na verdade, Yuuji usa esse destino para cometer atos de heroísmo, defendidos pela crença de que mesmo que sua existência desaparecesse um dia, seu sacrifício seria prova de que ele já viveu. Apesar de todas essas mudanças, ele ainda luta para viver a vida normal que já teve e ao mesmo tempo tenta ajudar Shana em suas batalhas e salvar Misaki City e seus habitantes.

Shana e Kazumi, que ambos tinham sentimentos por Yuuji, decidiram escrever-lhe uma carta; quem ele iria responder seria o que ele tinha escolhido. Infelizmente, ele desapareceu na véspera de Natal, e todos, exceto aqueles que sabiam quem ele realmente é, haviam esquecido dele.

Mais tarde é revelado que Yuuji escolheu Shana ao invés de Kazumi. Ele ficou surpreso ao perceber que seus sentimentos já estavam lá por muito tempo e contemplava todo o tempo perdido com ela.

Com esta constatação, ele tomou uma decisão e voluntariamente apagou sua existência na véspera de Natal para mudar o destino de Shana. Enquanto isso, ele também recebeu conselhos de uma voz misteriosa que lhe ofereceu a chance de salvar Shana do conflito interminável entre Flame Haze e o Reino Vermelho.

Yuuji aceita esta oferta e se funde com o dono da voz, ninguém menos que o Deus Vermelho, “Serpente do Festival”. Empregando seus novos poderes que até excedem os de um Senhor Crimson, Yuuji junta‑se a Bal Masqué, onde a Sacerdotisa (Hecate), o Estrategista (Bel Peol) e Fecor (o braço direito de Bel Peol) o aceitam como o novo líder.

Depois, ele vai para Misaki City e enfrenta Shana, derrotando‑a, e vai para a Loja de Departamentos Yoda, onde Eita e Kazumi estão, para reivindicar o Haridan que pertence a Bal Masque.

Kazumi pergunta por que ele retornou as cartas que ela escreveu para ele e Yuuji responde que não pode pensar em nada para dizer a ela que não vai ferir seus sentimentos (o que significa Yuuji retornou as cartas de Kazumi em vez de simplesmente rejeitá‑la, pensando que suas ações seriam menos prejudiciais do que dizê‑lo abertamente). Isso indica que ele escolheu Shana ao invés dela.

Depois de encontrar e derrotar Shana na cidade de Misaki, Yuuji retém seus poderes usando os Tartaros e a leva para Seireiden.

Ele e alguns membros de Bal Masqué então viajam para a fenda entre o mundo humano e o Reino Vermelho, o lugar onde o corpo da Serpente do Festival está selado. Bal Masque desperta com sucesso a verdadeira forma da Cobra do Festival, que traz uma vantagem na guerra contra a Flame Haze.

A verdadeira forma da Serpente é trazida com sucesso para a Terra, dando um impulso moral suficiente às tropas de Bal Masque para que a Flame Haze comece a perder a guerra. Sakai Yuuji anuncia seu plano para a retirada da Chama Hazes que, como o Deus do Desejo, ele deseja criar um novo mundo, um que cumpra todos os desejos dos Denizens sem guerra, uma abundância de Poder da Existência e nenhuma dor e sofrimento como este mundo, chamado Xanadu.

Além disso, ele acrescenta que a Flame Haze não deve se opor a isso, pois esse propósito também indiretamente cumpre as exigências das Flame Hazes que não mais Denizens matariam humanos indiscriminadamente pelo Poder da Existência.

No entanto, o anúncio tem um propósito mais obscuro. A maioria da Flame Haze fez pactos com os Senhores Crimson por vingança, injustiça e sofrimento. Agora, com a responsabilidade de proteger um novo mundo sendo irrelevante para eles, é muito cruel, mais mentalmente quebrado, levando a um massacre pelas tropas de Bal Masque.

Após a guerra, ele revela o local apropriado para a criação de Xanadu, Misaki City. No entanto, Johann foi acordado por Pheles depois que Kazumi a chamou para o campo de batalha por causa da arma de Sydonay quase a matou quando ela a usou para fortalecer a torre antes de Khamsin destruí‑la.

Ele tira o Reiji Maigo de Yuuji, mas Yuuji não deixa tirá‑lo dele. Yuuji pergunta a ele a razão e a intenção de levar o Reiji Maigo. Ele imediatamente responde que não concorda com o plano de Yuuji depois que Xanadu é criado e depois que o Deus da Criação se separou dele.

Ele também notou que Yuuji tinha menos amor. Ele disse que Yuuji subestimou os sentimentos de Shana por ele. Ele apontou que Yuuji acha que Yuuji é o único que poderia sacrificar o mundo por amor, quando na verdade, ele mesmo havia feito a mesma coisa.

Quando Pheles pediu para deixar o campo de batalha, ele imediatamente libertou o Reiji Maigo e abraçou Pheles. Mais tarde, Johann e Pheles lançaram um feitiço para invocar uma van que parece ser Gyuuki em forma de van para levar Yoshida e os dois para longe.

Através de várias batalhas e planejamento tático, ele criou Xanadu com sucesso sacrificando a Sacerdotisa como início da criação do novo mundo. No entanto, Shana e sua equipe retornam para lutar contra Sakai Yuuji, pois percebem que o mundo espelhado causaria desequilíbrio do Poder de Existência no futuro distante, se os denizens consumissem o Poder de Existência de forma imprudente.

Através das batalhas que se seguiram, Shana e Margery Daw reconstruíram com sucesso o feitiço de restrição para incluir uma lei que os humanos nunca podem ser consumidos em Xanadu. Este é um último esforço, pois a equipe de Shana é muito pequena para impedir a criação de Xanadu, então eles simplesmente queriam proteger os humanos de Xanadu.

Como eles se sentem aliviados que seu plano funcionou, Shana está agitada para ver Sakai Yuuji sorrindo. Sakai Yuuji, prever este plano revela que todo o feitiço de restrição é um efeito secundário. Na realidade, o único requisito é esperar até meia‑noite para que Reiji Maigo se reabasteça, durante o qual ele pede ao professor para colocar um feitiço de restrição especial para obter uma enorme quantidade de Poder de Existência sob seu controle, onde ele pode direcionar para a criação de Xanadu e anular a lei colocada por Shana.

Shana e a outra Flame Haze não foram derrotados, mas claramente perderam e só podem assistir impotentemente na criação de Xanadu. No entanto Sakai Yuuji, como a Serpente do Festival, ouve o Denizen, bem como o Flame Haze desejo e não desfaz a lei estabelecida por Shana.

Enquanto os Denizens partem para Xanadu, Sakai Yuuji se separou da Cobra do Festival. O estrategista, segurando a essência de Deus do Desejo, deu‑lhe uma chave em forma de corrente para Tartaros.

No final, o Deus do Desejo afirmou que se afeiçoou a Sakai Yuuji, uma mera tocha que estava disposta a permitir‑se ser usada como ferramenta para cumprir seu plano, e mesmo que ninguém mais aprovasse seu plano, o Deus do Desejo o aprovou e deu suas bênçãos a Sakai Yuuji quando partiram para Xanadu.

Mais tarde, o Órgão Espiral apareceu, deu a Yuuji um cristal contendo feitiço irrestrito por trazer de volta as coisas perdidas, conceder proteção básica para seu corpo e incorporar um novo feitiço irrestrito no anel anti‑flame Azure, dizendo que tem sido maravilhoso trabalhar com Sakai Yuuji.

Mais tarde, Lamies deixou um último presente de despedida, nomeando o novo feitiço irrestrito de Yuuji, Grammatica e pedindo-lhe para contemplar o significado disso.

Agora, totalmente, ele decidiu enfrentar Shana e Margery Daw na batalha final; Sydonay impressionado com a ação do garoto decidiu se aliar com ele e lutar contra Margery Daw. Durante a batalha Sakai Yuuji ativou o cristal verde e lançou em Yoshida Kazumi, com o último apelo para que ela concordasse.

O feitiço se ativa e restaura toda a destruição causada na cidade de Misaki e cura pessoas danificadas embora ele lamentasse que pessoas mortas não possam ser revividas.

Shana perguntou a Sakai Yuuji qual era sua intenção e ele respondeu que, para expiar a morte de Flame Hazes e humanos em sua busca, ele viajará para Xanadu que não tem nenhuma cidade de Misaki sozinha para ensinar Denizens e humanos a coexistirem pacificamente, mesmo que leve milhares de anos para que ele possa finalmente ficar junto com Shana sem culpa.

Shana soca Yuuji e lhe dá a Tocha de Hirai. Shana e Alastor ficaram furiosos com sua filosofia de punição severa. Eles usaram sua força tremenda para dominar Sakai Yuuji e levar à sua derrota.

No limbo, Johann o confronta sorrindo e provoca Sakai Yuuji que ele subestimou o poder do amor novamente. Ele acorda, carregado por Shana timidamente disse que ele só precisa perguntar e ela iria com ele para Xanadu juntos sem pensar.

Admitindo sua perda, ele respondeu a Shana, pediu perdão, pediu para ela ficar com ele em Xanadu e ela aceitou feliz.

Ao abraçarem e se beijarem, o Spell sem restrições do Órgão Espiral ativou e Sakai Yuuji tornou‑se uma “existência sólida”, como profetizado por Deus da Punição, algo mais do que uma tocha normal ou um Mystes.

Como Sakai Yuuji e Shana se deleitam com esta revelação, partiram para Xanadu.