Heero Yuy é o piloto da Asa Gundam e da Asa Zero, conhecido como “O Soldado Perfeito”. Desde muito cedo ele foi treinado para a batalha; seu nome era apenas um codinome dado pelo líder da colônia caída que buscava vingança contra os pilotos Gundam. Ao chegar à Terra, Heero conhece Relena Darlian, filha de um defensor da paz entre o planeta e a Colônia. Depois de se matricular na escola, ele salva sua vida em diversas ocasiões, confundindo missão com sentimentos.

Seu primeiro aliado é Duo Maxwell, que ajuda a retirar seu Gundam do oceano. Em seguida, Heero parte sozinho por algum tempo, atacando bases e acampamentos da OZ. O principal rival dele é Zechs Merquise; os dois se enfrentam em várias batalhas ao longo da série, trocando de Gundams de vez em quando. Outro adversário importante é Treize Kushrenada, que entrega a Heero o maligno Gundam Epyon, e ele troca com Zechs pela Asa Zero.

Enquanto Trowa Barton guarda um grande mistério em sua personalidade, Heero aparece em segundo plano, sempre desaparecendo após cumprir uma missão ou ter um encontro. Ele vive guiado pelas emoções, como afirma várias vezes na série, e costuma refletir sobre as situações a maior parte do tempo. Quatre Raberba Vencedor, piloto 04, o chama de “coração do espaço” perto do final do último episódio.

No episódio “Frozen Teardrop”, em data não especificada, Heero é criogenicamente congelado pelo Preventor e armazenado na base de prevenção de Marte. Recebe o codinome “Beleza Adormecida/Princesa Aurora” devido à aparência da cápsula, permanecendo lá por décadas até despertar na Colônia de Marte (MC) 0022 para participar da Operação Mythos. Após acordar, ele é abordado pelo Mestre Chang e Padre Maxwell, que o convidam a lutar novamente em uma última missão. Com esse objetivo, Heero se torna parceiro de Duo Maxwell e piloto da Branca de Neve, jurando matar Relena mais uma vez.