Mendoza navegou ao lado do grande explorador espanhol Ferdinand Magellan, de quem aprendeu as técnicas de navegação. Em uma viagem, durante uma tempestade, ele testemunhou um navio afundando com um homem e seu filho, Esteban; Mendoza mergulhou e salvou o bebê antes que a embarcação caísse. Ele percebeu que a criança carregava um medalhão e retirou a peça central. Posteriormente, levou o garoto para Barcelona, onde Esteban não sabia que era Mendoza quem o havia resgatado.

Um dia, Mendoza retornou a Barcelona e ofereceu-se para levar Esteban em busca das Cidades de Ouro, pois acreditava haver uma conexão entre eles. Ele é muito inteligente e astuto; costuma traçar seu caminho para sair de situações, mesmo quando todos pensam que ele não é mais necessário. Quando surge um problema, usa sua sagacidade para assumir o controle. Corajoso, faz qualquer coisa para salvar seus amigos.

Mendoza sequestrou Zia, a rainha da Espanha, porque ela sabia ler o Quipu e ele acreditava que poderia guiá-lo rumo às cidades de ouro. Apenas Esteban confia em Mendoza por algum motivo; Zia, por outro lado, acredita que ele busca apenas ouro — algo que no início parece verdadeiro, mas seu caráter muda ao final, quando ele passa a enxergar além das ligações para as Cidades de Ouro.