Ayaka representa o arquétipo de Shirou Emiya, sendo suposto ser a protagonista de um romance original sobre destino e noites que jamais chegou ao fim.
Ela possui uma personalidade insegura e mantém uma percepção negativa de si mesma.
Ao contrário da irmã mais velha, Manaka, reconhecida como prodígio na arte de Magia, Ayaka detém apenas habilidades medíocres, o que a faz desenvolver um complexo de inferioridade.
Originária de uma linhagem de feiticeiros, Ayaka tem conhecimento da iminente Guerra do Santo Graal e de sua futura participação, diferentemente de Shirou, que era órfão e praticamente alheio ao universo mágico.
Ela recusa-se a participar da guerra, mas isso se deve às mortes do pai e da irmã nas batalhas anteriores.
Como Shirou, Ayaka acaba se envolvendo na Guerra ao invocar Saber – um arquétipo masculino do mesmo nome – para sua proteção, enquanto Lancer executa um golpe mortal contra ela.
Durante a Guerra, Ayaka atrai a atenção de Archer – também um arquétipo de Gilgamesh – que propõe que ele veja Saber como seu adversário.
Eventualmente, ela perde Saber como serva para Sancraid Phahn, mestre do Berserker.
Lancer, que nesse instante perde seu mestre devido a uma maldição, estabelece um pacto com Ayaka para resgatar Saber.
Ayaka é envenenada; Archer provoca Saber com uma cura que desencadeia uma batalha decisiva entre eles.
Como a narrativa permanece inacabada, o destino de Lancer fica obscuro, assim como os acontecimentos do inevitável reencontro entre ele e a irmã ressuscitada, Manaka, primeira mestre da guerra e mestre da besta.
Embora não seja tão obsessiva quanto sua irmã, Ayaka considera Saber, seu servo, como o príncipe e protetor ideal.
Na escola que frequenta, Ayaka usa um camafeu e vive como uma estudante comum na instituição de Shirou.