Eiji Shinjo, o protagonista principal da série, fez sua primeira aparição em Battle Arena Toshinden como personagem jogável e desde então apareceu em todos os jogos subsequentes, inclusive nos spin‑offs lançados apenas no Japão. Ele também aparece em outro jogo de luta publicado pela Takara, D‑Xhird, como um personagem oculto e jogável.

Eiji é um aventureiro treinado na arte da espada ao lado do amigo Kayin Amoh, sob a tutela do irmão mais velho Sho. Contudo, Sho abandonou o casal inesperadamente em um dia e desde então Eiji está determinado a encontrá‑lo.

Eiji participou dos dois primeiros torneios Toshinden na esperança de reencontrar seu irmão perdido. No primeiro, ele encontrou Sho e foi derrotado por ele com facilidade; no segundo, o encontro se repetiu, mas desta vez Sho quase o derrota. Apesar dessas duas perdas, Eiji ajudou a destruir a Sociedade Secreta no segundo jogo. Depois soube que estava sendo alvo da Organização e entrou no terceiro torneio organizado por ela. Com apoio dos lutadores ao seu lado, ele destruiu a Organização e seu líder Abel.

Logo depois, Sho enfrentou Eiji mais uma vez em uma batalha decisiva; ao final, Sho deixou seu filho Subaru sob os cuidados de Eiji, implicando que este havia vencido. No entanto, antes que Eiji pudesse se reunir plenamente com o irmão, Sho desapareceu novamente e desde então só se ouviu falar dele.

Nos anos seguintes, Eiji treinou Subaru na espada e, por fim, lhe entregou sua katana. Foi então oferecido a ele o cargo de líder da recém‑reformada Sociedade Secreta; ele aceitou com a esperança de transformar o poder corrompido em algo benéfico. Com a ajuda dos humanos encarcerados e alterados Eos e Zero, Eiji sediou e participou do quarto torneio para reunir os Quatro Braços Sagrados—armas místicas baseadas nos quatro símbolos das constelações chinesas. Durante o evento, ele teve a oportunidade de lutar contra seu sobrinho Subaru para avaliar o progresso de sua habilidade de combate ao longo do tempo. Embora satisfeito em saber que a destreza de Subaru era quase idêntica à dele e à de Sho, Eiji não podia perder o foco da verdadeira missão: confrontar seu antigo inimigo Vermilion e disputar pelos Quatro Braços Sagrados. O desfecho dessa luta permanece um mistério, mas é provável que Eiji tenha matado Vermilion e salvado o mundo da destruição total.