Nagi Naoe nasceu no Japão. Quando criança, ele foi afastado das pessoas ao seu redor por causa de seus poderes telecinéticos. Após matar acidentalmente sua mãe e bloquear as lembranças desse evento, ele foi capturado por Brad Crawford, da organização Schwarz. Crawford, interessado em descobrir mais sobre a ESP do garoto, entregou Nagi aos cuidados da Irmã Kaoruko Amamiya, freira especializada no tratamento de crianças traumatizadas.

Ken Hidaka também passou um curto período no orfanato após a morte de sua própria mãe. Contudo, a irmã utilizava as crianças para cometer crimes, manipulando-as com hipnose implantada em sessões de aconselhamento. Durante um encontro com um amigo do orfanato, Ken conheceu Nagi; foi nesse momento que Weiss recebeu a missão de eliminar Irmã Amamiya. Foi Ken quem acabou matando a freira.

Nagi testemunhou o assassinato e, abalado, usou os poderes telecinéticos para derrubar a igreja. De então em diante, ele jurou matar Weiss e odiar Ken especificamente. Depois do incidente, Crawford recuperou Nagi e enviou-o à Alemanha para estudar brevemente na instalação Rosenkreuz. Em seguida, Nagi começou a trabalhar com Schwarz para se vingar do mundo pela forma como todos o trataram quando criança.

Ele é muito solene e amargurado com a vida e a sociedade.