O ser chamado Nephilim fez sua primeira aparição quando Shion Uzuki encontrou o Emulador Zohar, recuperado pela Woglinde. Ele apareceu diante do cientista, que parecia estar sentado em um balanço. Antes de conseguir descobrir mais, ele foi instruído a sair pelo tenente‑comandante Vanderkam, agente duplo da U‑TIC na Federação Galáctica.

A próxima vez que Nephilim foi localizado ocorreu enquanto a Fundação Kukai era enquadrada pela U‑TIC para destruir a armada Woglinde – ação conduzida por Gnosis. Aproveitando uma abertura proporcionada por Lapis Roman, Shion, Allen Ridgeley, Rubedo, o tenente Louis Virgil, Caos, MOMO e Ziggy avançaram até um cientista cujo assistente Allen havia encontrado no dia anterior; o objetivo era recuperar os dados triplamente criptografados dentro da KOS‑MOS, que os limparia de qualquer transgressão.

Ao mergulhar arriscado em Encéfalo com Rubedo, Ziggy e MOMO, Shion reencontrou Nephilim. Ele a levou ao dia trágico em que perdeu seus pais durante o conflito Milciano. Enquanto isso, Rubedo foi forçado a reviver seus próprios demônios, testemunhando que seu colega URTV ficaria furioso pela interferência do U‑DO, e também revivendo experiências com Sakura Mizrahi – filha de Juli e Joachim Mizrahi, modelo de MOMO e dos Realianos da série 100.

Nephilim então revelou um futuro surpreendente: KOS‑MOS enfrentaria U‑DO perto de Old Miltia, que havia desaparecido no Abismo. Ele também disse que os destinos de Shion, Rubedo e KOS‑MOS estavam entrelaçados, e que algum dia retornariam à Velha Miltia para confrontar U‑DO.