Yugi Mutou é o protagonista principal de Yu‑Gi‑Oh! Monstros Duelos. No início da série, ele aparece como um garoto tímido e muito baixo para a sua idade, motivo pelo qual costuma ser alvo de provocações na escola. Por isso, fica sempre sozinho.

O avô dele lhe entrega o Millennium Puzzle antes do início da linha do tempo da história. Yugi é informado de que, se conseguir resolver o quebra‑cabeça, um desejo seu será concedido. Ele resolve o puzzle e pede por amigos; o desejo é atendido imediatamente. Ao fazê-lo, ele também desperta o espírito que habita no Puzzle, embora não perceba isso até muito mais tarde na trama.

Quando Yugi toma consciência do espírito, os dois se tornam extremamente próximos. Ele chama o espírito de “Mou Hitori No Boku” e o companheiro “Aibou” de “Parceiro”. Yugi então passa a ser um recipiente para o espírito, que lhe diz que seu dever é ajudar a recuperar as memórias perdidas do fantasma. Com a ajuda dos amigos, ele auxilia o Faraó na busca por suas lembranças enquanto enfrenta situações cada vez mais difíceis.

Yugi vive com o avô, já que os pais dele estão em viagens de negócios. Sua mãe, Ashita, faz uma breve aparição no início da segunda temporada, quando Yugi discute com o espírito. Ele também demonstra grande talento como duelista de cartas Duel Monsters, graças à experiência e ao baralho do avô.

O deck de Yugi, durante toda a série, é realmente o do avô; ele recebe esse baralho no episódio 1 para enfrentar Seto Kaiba. Contudo, na última temporada – Memória do Faraó – ele passa a usar seu próprio deck, que contém mágicos, feitiços e máquinas. Em algumas versões, Yugi também aparece como “Homem Damas” de acordo com o preenchimento KCGP.

Desde o começo, fica claro que ele tem uma queda por Anzu Mazaki, sua amiga de infância.

Yugi Mutou faz diversas aparições em Yu‑Gi‑Oh! GX. Ele é visto pela primeira vez como adulto no primeiro episódio, quando Judai Yuki encontra-o a caminho do exame de admissão na Academia Duel; Yugi então entrega a Judai um Winged Kuriboh e se despede. Há também várias menções ao longo da série.

Em especial de 10 anos de Yu‑Gi‑Oh!, Yugi é um dos personagens principais, junto com Judai Yuki (Yu‑Gi‑Oh! GX) e Yusei Fudou (Yu‑Gi‑Oh! 5D's), enfrentando Paradox para salvar os Monstros Duel e a própria existência do tempo.