Yami no Yuugi é o espírito que habita o Quebra‑Cabeça de Milênio. Após a batalha histórica contra Zorc Necrophadius, ele selou sua alma junto com a de Zorc para salvar o Egito, perdendo a memória em consequência. 3.000 (5.000) anos depois, Yugi Mutou, que já havia tentado resolver o quebra‑cabeça por oito anos, desperta Yami no Yuugi do seu sono; porém Yugi só percebe isso muito mais tarde na história, especificamente em Reino Duelista. No final de Reino Duelista, ele pede a Yugi que o ajude a recuperar as memórias e Yugi aceita.