Yusei é o novo protagonista desta série e já se destaca como um duelista raro.
Ele domina máquinas e computadores, conseguindo montar seu D‑Wheel sozinho.
Sua personalidade difere bastante de Judai na série GX, mas lembra Mutou Yugi em muitos aspectos.
Sempre parece descolado e inteligente, com um coração caloroso, especialmente durante duelos, e nunca deixa de pensar nos amigos.
Depois da luta contra Jack Atlas, ele aparece no braço dele, transformando-o num Signer.
A trama foca principalmente em Yusei.
Enquanto a população vive na bela cidade Neo Domino, ele habita uma antiga fábrica de satélites junto com suas escórias.
Yusei constrói seu D‑Wheel usando qualquer material que consegue encontrar nesse local de lixo.
Essa prática alimenta o conceito do baralho Junk (ou Junk Warrior).
Ele planeja enfrentar Jack em um duelo decisivo porque este roubou seu cartão D‑Wheel e as.