Motoko Kusanagi é a mulher misteriosa, até enigmática, que liderou um grupo de SpecOps por anos e foi recrutada por Aramaki para trabalhar na Seção 9. Quase nada se sabe sobre ela: suas origens, data de nascimento, etc. Ela não pode ter mais de 60 anos, pois a ciborgização completa ainda não estava em uso. Ela ficou totalmente cyborg em idade muito jovem e, à medida que “cresceu”, passou por vários corpos artificiais. Isso, sobretudo, provavelmente contribuiu para sua grande facilidade em controlar corpos ciborgues de diferentes tipos, mesmo múltiplos ao mesmo tempo. Mais misteriosa ainda é sua incrível habilidade como hacker: ela se sente igualmente confortável em um corpo cyborg ou em um corpo humano enquanto mergulha na rede, e é oficialmente registrada como hacker classe Super Wizard. Sua vida romântica não envolve oficialmente ninguém na série Stand Alone Complex, mas no mangá original ela é bissexual e já namorou o líder da Seção 1 por algum tempo. No universo SAC é mostrado que Hideo Kuze é a primeira pessoa que ela amou, e sua relação com Batou parece ser de uma confiança platônica próxima. Seja qual for a idade dela, o Major Kusanagi agora prefere o corpo de uma mulher de 20 anos e poucos meses. Ela é mais frequentemente identificável por seu cabelo curto violeta e olhos violetas em seu projeto complexo Stand Alone. O desenho dela mostra-a com cabelos curtos, anil e olhos azuis, e apresenta o Major em uma idade mais jovem enquanto ela luta por sua autonomia na Unidade 501 do Exército.