Mikoto Misaka é uma das heroínas principais da série *Toaru Majutsu no Index* e protagonista de sua história paralela, *Toaru Kagaku no Railgun*. Usuária psíquica da Academy City, seus poderes são classificados como Nível 5, a maior patente para usuários psíquicos mais poderosos, e ela é a terceira mais forte entre as sete pessoas que detêm essa patente na cidade. Frequenta Tokiwadai Middle School, uma escola de meninas para os ricos e elite psíquicos, uma das cinco escolas de elite da Academy City. Para a maioria, ela parece uma garota adequada, mas na verdade tem atitude mal-humorada, orgulhosa e imprópria, com tendências e inseguranças tomboyish, fato que poucos sabem. Gosta de coisas fofas e infantis, como pijamas floridos e Gekota, a popular franquia de mascote de sapo. Tem forte senso de moral e odeia injustiça, ao contrário do que diz. Seu poder gera eletricidade, capaz de causar apagões, criar railguns instantâneas usando moedas como projéteis, e atrair partículas de ferro magneticamente, formando um chicote. Também manipula objetos elétricos como redes e sistemas de segurança. Rivaliza unilateralmente com Touma, apelidando-o de “Biribiri”. Desde então tenta se aproximar de Touma e derrotá‑lo, apesar de tentar evitar conflitos.

Quando jovem, foi enganada a entregar seu DNA ao cientista da cidade sob pretexto de curar distrofia muscular de Duchenne, mas eles queriam criar clones militares. Descobriu que os clones não tinham seu nível de poder, então foram usados em projeto “Nível 6 Shift”, destinado a ser morto pelo Acelerador para criar o primeiro Nível 6 esper. Eventos de como Mikoto tentou parar o projeto são brevemente mencionados no terceiro romance, mas expandidos no mangá *Toaru Kagaku no Railgun*. Quando todas as tentativas falharam, ela pretende se deixar ser morta pelo Acelerador, para provar que os cálculos do Diagrama da Árvore estão errados. Porém não foi até Touma intervir e vencer o Acelerador, provando que ele é fraco. O projeto Shift Nível 6 cancelou e os restantes 9 969 clones foram poupados.

Após os eventos do terceiro romance, desenvolve fortes sentimentos por Touma, mas não consegue expressá‑los devido a inseguranças e a outras garotas interessadas nele. Mesmo que briguem, mantêm relação amigável. Ambos tiveram encontro (resultado de aposta) e trocaram números. Durante eventos do 14º romance, chama Touma que viaja a Avignon, França, quando ele é atacado pela Terra da Esquerda. Mesmo com celular danificado, Mikoto ouve e aprende revelação surpreendente: Touma perdeu memórias e fingiu para amigos todo esse tempo. Confusa, confronta Touma quando volta à cidade no 16º romance e força a dizer a verdade. Depois de revelar tudo, Mikoto fica confusa sobre por que se importa, até perceber que ama Touma. Percebendo que pode perdê‑lo, resolve‑o ajudar de qualquer forma, incluindo fazer as pazes com