Lacus Clyne é uma pop idol do planeta, filha de Siegel Clyne, presidente do Conselho Supremo, e sua voz é reconhecida em todo o mundo. Muitos suspeitam que seu talento esteja ligado ao fato de ela ser uma Coordenadora.

No início da série, Lacus está noiva de Athrun Zala por casamento arranjado. Embora tenham se apaixonado ao se conhecerem, os sentimentos diminuíram, tornando o noivado mais político.

A princesa de cabelos rosa entra na trama quando viaja em um navio civil para uma cerimônia memorial em Junius Sete. A nave é confundida com uma aeronave militar ZAFT e atacada pela Aliança Terrestre. Lacus é levada a uma cápsula de fuga e escapa em segurança. Pouco depois, a cápsula é encontrada por Kira, que a traz de volta ao Arcanjo. As portas de emergência se abrem e uma pequena bola robótica rosa aparece.

Apesar de ser inimiga, Lacus permanece alegre e gentil com todos no navio, mantendo-os reféns. As forças ZAFT descobrem o Arcanjo e a batalha começa. Antes que a Aliança Terrestre sofra mais perdas, Natarle Badgiruel abre um canal para o inimigo, revelando que Lacus está a bordo. Kira fica perturbado e, por causa das palavras de Flay, quase entra em colapso emocional, mas Lacus tenta consolá-lo.

O casal percebe que ambos conhecem Athrun Zala pessoalmente, e que Athrun criou o Haro/Pink‑chan para Lacus e o Torii para Kira. Kira decide devolver Lacus ao lugar onde pertence, junto com Athrun.

Mesmo antes de conhecer Kira, Lacus teve influência indireta na guerra, cantando uma canção de paz que espalhou esperança de harmonia entre as nações. Depois de encontrar o Arcanjo, ela ajuda Kira várias vezes, fazendo Athrun questionar seu propósito na guerra.

Com o tempo, Lacus acaba se apaixonando por Kira, algo que fica mais claro em Gundam Seed Destiny, e o noivado com Athrun termina sem conflito.