Uma garota de 14 anos cuja vida muda quando encontra a Puella Magi Homura e o familiar Kyubey, que se oferece para transformá-la em uma Puella Magi. Ela se percebe como alguém sem qualidades ou talentos especiais, e depois de ver Mami lutando contra bruxas, deseja ser uma Puella Magi incrível e admirável como ela. É bastante altruísta, querendo ser uma garota mágica apenas para poder ajudar os outros. Supostamente possui um grande potencial mágico dentro de si. Após a morte de Mami, fica incerta sobre se tornar uma Puella Magi, tornando-se mais assim que os segredos sombrios da Puella Magi são revelados a ela. É gentil, compassiva, evita conflitos e deseja que todos se dêem bem, às vezes colocando sua própria vida em risco para ajudar os demais. Em linhas do tempo anteriores que Homura experimentou, Madoka havia se tornado uma Puella Magi, empunhando um arco e flecha mágicos. De acordo com Kyubey, ela é capaz de se tornar a Puella Magi mais forte e a bruxa mais terrível, capaz de destruir o mundo, razão pela qual ele está mais interessado em firmar um contrato com ela. No início do terceiro filme, ela está presa dentro da gema de alma manchada de Homura, em uma Mitakihara falsa. Suas memórias foram apagadas e ela luta contra “Nightmares” junto com as outras quatro garotas. No final, ela recupera suas memórias e poderes divinos, mas eles são parcialmente roubados por Akemi Homura para reescrever o mundo onde Madoka pode viver como humana enquanto a Lei de Ciclos ainda funciona. Suas memórias (e as de outras Puella Magi) são reescritas por Homura, e nesse mundo Madoka é a estudante transferida, que é recebida e guiada por Homura.