O personagem principal, o “herói” da trama. Naegi é amigável e muito mais realista que os demais estudantes. Ele costuma agir de forma passiva nas conversas. Junko também o chama de “homem herbívoro”, indicando que Naegi tende a ser o passivo em relacionamentos. Para ele, a característica mais marcante é o otimismo.

Naegi utilizou essa característica no julgamento final, impedindo que os demais alunos sucumbissem ao desespero que os ameaçava, o que lhe rendeu o título de “Super High School Level Hope”. Ele foi o único dos seis a sobreviver ao julgamento final e escapar no fim do jogo. Em *Super Dangan Ronpa 2: Adeus Desespero*, Naegi, juntamente com os sobreviventes remanescentes da primeira vida de *Matar uma Escola Mútua*, ingressou na Fundação Futuro. Ele, junto com Kirigiri e Togami, apareceu no capítulo final para resgatar os sobreviventes. Naegi é um dos cinco sobreviventes do jogo final de assassinato e, por fim, aparece assumindo o cargo de diretor da academia reconstruída de Esperança.