Nível da escola Esperança. O personagem principal, o “herói” da história. Naegi é amigável e muito mais realista que os demais alunos. Ele tende a agir passivamente nas conversas. Junko também o chama de “homem herbívoro”, indicando que ele provavelmente será o passivo em um relacionamento. De acordo com ele, sua característica mais distintiva é o otimismo. Naegi usaria essa característica no julgamento final, impedindo os outros alunos de cederem ao desespero que começa a dominá‑los, ganhando o título de “Super High School Level Hope”. Naegi foi o único de seis que sobreviveu ao julgamento final e escapou no final do jogo. Em Super Dangan Ronpa 2: Adeus Desespero, Naegi, junto com os sobreviventes restantes da primeira vida de matar uma escola mutuamente, entrou na Fundação Futuro. Ele, junto com Kirigiri e Togami, apareceu no capítulo final para salvar os sobreviventes. Naegi é um dos cinco sobreviventes do jogo final de assassinato, e é visto pela última vez se tornando o novo diretor de uma academia reconstruída de esperança.