Mikoto Misaka é uma das heroínas centrais de *Toaru Majutsu no Index* e a protagonista da história paralela *Toaru Kagaku no Railgun*. Usuária psíquica de Academy City, seus poderes são classificados como Nível 5, a mais alta classificação para os esper mais fortes, e ela é a terceira mais poderosa entre as sete pessoas com essa patente na cidade. Frequenta Tokiwadai Middle School, uma escola de meninas para os ricos e elite psíquicos, sendo uma das cinco escolas de elite de Academy City. Para a maioria, Mikoto parece uma jovem bem‑educada, mas na verdade possui uma atitude mal‑humorada, orgulhosa e um tanto tomboyish, com inseguranças que poucos notam.

Ela gosta de coisas fofas e infantis, como pijamas floridos e a franquia de mascote Gekota. Possui um forte senso de moralidade e detesta injustiças, mesmo quando tenta disfarçar. Seu poder consiste em gerar eletricidade: pode causar apagões na cidade, criar railguns instantâneas usando moedas como projéteis e atrair partículas de ferro ao seu redor, formando um chicote de eletricidade. Também manipula objetos elétricos como redes e sistemas de segurança.

Mikoto mantém uma rivalidade unilateral com Touma Kamijou, que a chama de “Biribiri”. Ela sempre tenta combinar com Touma e derrotá‑lo, apesar de suas tentativas de evitar conflitos. Quando jovem, foi enganada a entregar seu DNA ao cientista da cidade sob o pretexto de encontrar cura para a distrofia muscular de Duchenne; na verdade, o objetivo era criar clones militares dela. Descobriu que os clones não tinham o mesmo nível de poder e foram usados em vez disso no projeto “Level 6 Shift”, destinado a ser morto pelo Accelerator para criar o primeiro esper de nível 6. Os detalhes desse conflito aparecem brevemente no terceiro romance e são expandidos no mangá *Toaru Kagaku no Railgun*. Quando todas as tentativas de Mikoto falharam, ela planejou se entregar ao Accelerator para provar que os cálculos do Diagrama da Árvore estavam errados. Contudo, não foi até Touma intervir e vencer o Accelerator que o projeto foi cancelado, poupando as 9 969 clones.

Após esses eventos, Mikoto desenvolve sentimentos fortes por Touma, mas não consegue expressá‑los devido às suas inseguranças e à presença de outras garotas interessadas nele. Mesmo com discussões, eles mantêm um relacionamento amigável, trocando números de celular em uma aposta. No 14º romance, ela liga para Touma enquanto ele viaja a Avignon, França, quando ele é atacado pela “Terra da Esquerda”. Mesmo com o celular danificado, Mikoto consegue ouvir a revelação de que Touma perdeu suas memórias e tem fingido isso para os amigos. Confusa, ela confronta Touma quando ele retorna a Academy City no 16º romance e o força a contar a verdade. Depois de revelar tudo, Mikoto percebe que ama Touma. Preocupada em perdê‑lo novamente, decide ajudá‑lo de qualquer forma, inclusive buscando conciliar com sua rival “Rainha de Tokiwadai” na esperança de recuperar suas memórias perdidas e unir forças nas batalhas para mantê‑lo seguro. Touma, porém, decide não envolvê‑la em seus fardos, pois não quer que ela sofra novamente como sofreu no incidente das irmãs e também fez promessa a Etzali de protegê‑la.