Batou (também Batto, Bato) é nominalmente o segundo em comando da Seção 9. Pouco se sabe sobre o estranho, grande estrangeiro que está com Motoko Kusanagi há anos. Ele já foi americano e serviu nas Forças Especiais na América do Sul. Sua quantidade de ciborgue-ização é variável de acordo com o enredo, de seus membros apenas até a maior parte de seu corpo, atrás apenas da Major. Apesar da disponibilidade de olhos superiores, ele tornou-se supersticioso sobre seus antigos substitutos oculares, popular entre muitos militares de alto nível. Ele também mantém alguns problemas residuais de imagem corporal, fazendo-o comprar continuamente equipamentos de treino, apesar do anacronismo óbvio. Nas duas séries do Complexo Stand Alone, a personalidade de Batou é mais assim na versão mangá. Ele é um brincalhão, mas tem um temperamento rápido. Sendo emotivo e não tão calmo quanto o Major, Batou mostra raiva contra a injustiça e crueldade, ao ponto de parecer totalmente teimoso às vezes. Ele às vezes mostra impaciência com os novatos da Seção 9, como Togusa, a ponto de ser rude, e piadas com ele constantemente. Às vezes, ele também se mostra uma voz de razão e preocupação com o Major, a ponto de ela admitir que pode confiar nele. Ambas as estações do anime, como os filmes, sugerem uma tensão romântica entre as duas, particularmente perto do final de cada Gig. Esta tensão é tocada, brevemente, no filme Solid State Society, onde Batou admite que ele tem encoberto qualquer uma das aparições do Major em casos anteriores ao caso do Mestre dos Bonecos. Batou tinha servido em uma equipe militar das forças especiais antes de entrar na Seção 9. A maioria de seu corpo é composto de próteses cibernéticas. Apesar do exercício fazer parte do corpo cibernético dele sem benefícios, Batou levanta pesos como hobby. Baseado em vários episódios do Complexo Stand Alone, Batou parece ter servido na Força de Auto Defesa Japonesa antes de entrar para a Seção 9. Sugere-se várias vezes que ele tinha uma qualificação de Guarda JGSDF. Sua unidade estava envolvida na IV Guerra Mundial e foi enviada para a América do Sul ao lado de Motoko Kusanagi, onde acidentalmente tropeçaram em uma unidade da Marinha Imperial Americana conduzindo uma operação secreta chamada "Projeto Sunset", que consistia em soldados ganhando a confiança das comunidades e, em seguida, realizando crimes de guerra, espalhando terror e caos nas fileiras inimigas. Os olhos de Batou são cinza e claramente protéticos. São equipamentos cibernéticos padrão emitidos para agentes das Forças Especiais.