Ela é uma mulher facilmente irritada que realiza experimentos e cria humanos que não podem sentir dor física. Embora Nagisa seja muito jovem na aparência, mais tarde é revelado que Nagisa tem mais de 30 anos de idade. Seus antecedentes e afiliação são desconhecidos. Ela tinha uma irmã, mas o que aconteceu com ela ainda não foi confirmado. Ela criou Youji à imagem de sua irmã mais nova, talvez em memória ou para aliviar a dor em seu coração, mas razões exatas ainda são desconhecidas. Seu comportamento exagerado e estilo de vida estranho a deixam sozinha e alienada. Ela faz amizade com Nana e confessa vergonhosamente que é sua única amiga. Seu relacionamento com Ritsu é intrigante. Ela coloca uma fachada de odiá-lo profundamente e desejando nada mais do que vê-lo falhar. No entanto, há pequenos momentos que revelam sentimentos possivelmente mais íntimos, pois ela cora profundamente sempre que ele está perto dela ou a toca, embora ela negue firmemente cuidar dele. Começando no volume 3 e terminando no volume 4, ela aposta com Ritsu que seu par Zero mais velho, Yamato e Koya, pode vencer o Soubi de Ritsuka. Em última análise, Yamato e Koya são derrotados, e a atitude de rivalidade entre irmãos de Nagisa em relação a Ritsu continua.