Órfão na infância, Naoto foi encontrado amnésico após o assassinato brutal de seus pais, evento que lhe deixou uma icônica cicatriz em forma de X no meio do peito. Ele foi levado, criado e treinado por um espadachim que ela acreditava ser o responsável pelo crime; esse mentor lhe deu o nome de Naoto em homenagem a outra pessoa de seu passado, mas nunca revelou seu próprio nome.

Quando o assassino original – o Naoto de quem recebeu o nome – foi morto, Naoto descobriu que seus pais haviam sido mortos por ele. Depois da morte desse homem, ela aprendeu o nome do mentor, Fuyumine, e adotou-o como sobrenome. Parece que, ao longo dos anos passados com Fuyumine, desenvolveu afeto pelo homem e passou a chamá‑lo de “pai” após sua partida.

Desde então Naoto fez amizade com Nill e acompanha Haine na busca por mais informações sobre Fuyumine, o primeiro Naoto, e em busca de vingança. Ela empunha a katana que herdou de Fuyumine. Fora do trio principal formado por ela mesma, Badō e Haine, parece ser a pessoa mais gentil e menos inclinada a matar.

Ela não se dá muito bem com Haine; quando estão juntas longe de brigas, costuma encará‑las maliciosamente. Isso provavelmente se deve ao fato de que Haine emprega táticas extremamente brutais e cruéis nas lutas. Muitas vezes Badō precisa aliviar a tensão entre as duas. Contudo, em confrontos contra inimigos, Naoto e Haine demonstram-se letais quando trabalham juntas.