O protagonista principal é Taiki Kudou, um jovem que atua como General de Xros Heart, uma força militar composta por Digimon. Seu pai trabalha como treinador esportivo e, dado seu estilo de vida itinerante, ele mora com a mãe no Japão. Com o objetivo de proteger o mundo da ameaça do Império Bagra, Taiki lidera a Equipe Xros Heart em uma série de batalhas contra os inimigos que buscam conquistar o planeta.