Cem anos depois de mudanças catastróficas nas placas tectônicas que submergiram grande parte do território, o Japão prospera como nação marítima. Cidades portuárias de alto desempenho alinham as costas e rotas marítimas bem estruturadas são protegidas por navios navais especializados. A indústria naval floresce e jovens garotas ansiam por ingressar nas Sereias Azuis — mulheres altamente qualificadas que dedicam suas vidas à proteção dos mares.
Depois de um tempo separados, os amigos de infância Akeno Misaki e Moeka China se reencontram na Escola Secundária de Fuzileiros de Yokosuka. Lá, elas são acompanhadas por outros que compartilham o sonho de se tornarem Sereias Azuis. Em breve, começam os exercícios de treinamento, colocando Akeno e Moeka no comando de suas próprias embarcações e tripulações.
Para Akeno tudo segue bem enquanto ela assume o papel de capitã e constrói a camaradagem entre seus companheiros a bordo do Harekaze, uma nave destruidora. Contudo, falhas inesperadas nos motores e na navegação deixam a embarcação encalhada e a tripulação em perigo.
A Frota do Ensino Médio acompanha a destemida tripulação do Harekaze enquanto navegam por águas traiçoeiras e enfrentam obstáculos em sua busca para se tornarem Sereias Azuis.
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