Depois que o Líder X parece ser destruído para sempre ao fim de Gatchaman II, um fragmento dele sobrevive e cresce, transformando‑se em Z. Junto ao chefe da família Egobossler, o Conde Egobossler (e seus dois subordinados Mechandol e Kempler), Z decide destruir a Terra e enfrenta novamente a Equipe Ninja de Ciência. Com a morte de Anderson, Dr. Nambu assume como novo líder da ISO, enquanto a equipe fica confinada na base subaquática de Gallatown, também chamada G‑Town. Aparece o engenheiro Kamo; depois que o Novo GodPhoenix é destruído no início, a equipe recebe o novo mecha Gatchaspartan. Este mecha possui um modo especial chamado Hypershoot, que só pode ser ativado por Ken com sua nova espada Gatchafencer. Conforme a série avança, percebe‑se que a exposição à radiação gerada pelo uso constante do Hypershoot está lentamente matando Ken, e que o uso contínuo levaria à morte. Enquanto isso, Z planeja aniquilar a Terra com um asteroide antimatéria, codinome “Apple Venenosa”.
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