O filme abre com Fuyuki Hinata e o Pelotão Keroro explorando um templo abandonado na montanha de Machu Picchu, no Peru. Enquanto vasculham as ruínas, Keroro acidentalmente dispara uma armadilha; ao fazê-lo, descobrem uma câmara oculta contendo um enorme cristal azul sobre um pedestal que possui uma chave. Ao usar a chave, Keroro ativa uma máquina misteriosa e o templo inteiro começa a tremer. Percebendo o perigo, o grupo sai rapidamente da sala. Durante a fuga, Keroro perde seu Kero Ball; Fuyuki avista brevemente uma jovem luminosa e diz a Keroro que havia uma garota na câmara, mas ele é forçado a sair antes de poder explicar mais. O grupo consegue escapar com segurança, enquanto a menina — agora surgindo um par de asas brilhantes — observa-os partir. De volta à câmara, algo cresce dentro do cristal…
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