Em Mushrambo, a vida humana chegou ao fim. Após um vírus mortal ameaçar a extinção da raça, surgiu uma nova espécie chamada Enterrans para preservar a existência na Terra. Contudo, o relacionamento entre os Enterrans e seus criadores nunca foi pacífico. Logo se desencadeou uma guerra, com os Enterrans enfrentando humanos e suas máquinas. No fim, os Enterrans saíram vitoriosos, renomeando o planeta de Enterra em homenagem à conquista.
Antes que os últimos vestígios da humanidade desaparecessem, um dos poucos cientistas restantes colocou sua filha, Yakumo Shindou, em uma câmara de sono. Ele esperava que ela despertasse algum dia e encontrasse o santuário humano chamado Shinzo, revivendo a humanidade e restabelecendo a paz entre humanos e Enterrans.
Séculos depois da guerra, Yakumo desperta e encontra um Enterran chamado Mashura, que promete ajudá-la em sua missão. Junto com os Enterrans Sago e Kutal, o grupo deve localizar as memórias perdidas de Yakumo e encontrar Shinzo. Porém nem todos os Enterrans são tão benevolentes quanto os novos aliados de Yakumo; alguns estão dispostos a cometer qualquer atrocidade para impedir o retorno da humanidade.
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