Enquanto aguarda Mai Sakurajima na praia em seu dia de formatura, Sakuta Azusagawa encontra uma versão mais jovem dela, que faz parte de sua atuação infantil. No entanto, quando Mai finalmente chega, o eu mais jovem desaparece, deixando-o perplexo. Ao retornar para casa, Sakuta nota uma cicatriz desconhecida em seu corpo, confirmando sua suspeita: ele está envolvido em outro caso da síndrome da puberdade inexplicável.
Pouco tempo depois, Sakuta e sua irmã Kaede recebem uma ligação do pai. Ele anuncia que a mãe deles, que havia sido recentemente alta do hospital, deseja vê-la novamente. Enquanto visitam sua mãe com Kaede, Sakuta começa a experimentar ocorrências estranhas e precisa encontrar uma maneira de resolver as anormalidades da Síndrome da Puberdade.
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