Quatorze anos após o Terceiro Impacto, a Terra se transformou num deserto pós-apocalíptico e as pessoas estão irreconhecíveis. Preso na Unidade Evangelion-01, Shinji é resgatado do espaço por Asuka Langley Shikinami e Mari Illustrous Makinami, apenas para ser capturado pela facção militar Wille, liderada pelo seu antigo guardião Misato Katsuragi. Frio e amargo, seus ex-aliados o tratam com desconfiança e não querem ajudá-lo a lidar com as consequências de suas ações.
Um Shinji ferido e confuso é resgatado por Rei Ayanami e retorna ao quartel-general do Nerv. Lá, ele se encontra e rapidamente faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa, que lhe oferece calor e visão sobre a guerra entre o Nerv e os Anjos. Mas o breve descanso de Shinji e Kaworu está prestes a acabar, pois uma nova batalha se aproxima, na qual ele descobre que seus inimigos não são mais anjos, mas ex-companheiros.
Neste confronto amargo para determinar o futuro do mundo, Shinji aprenderá em primeira mão que o passado realmente não pode ser desfeito.
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