Ambientado em uma série diferente de eventos, esta história não segue o cânone anterior do filme *Appleseed* (apesar de ser dirigido pelo mesmo diretor dos filmes anteriores); trata‑se de uma narrativa alternativa para os seus começos. Briareos já é um ciborgue e não se separou de Deunan para se reunir mais tarde no Olimpo e ingressar na ESWAT.
A trama de *Appleseed Alpha* retrata os primeiros dias de Deunan Knute e Briareos no século 22, enquanto eles embarcam em uma jornada pelas ruínas distópicas de Nova York em busca da cidade de Olimpo. Eles são contratados por Two Horns, o senhor da guerra da cidade arruinada, para eliminar máquinas de combate bípedes.
Durante a luta, encontram Iris e Olson, ambos em missão. Deunan e Briareos fazem amizade com eles e decidem se unir à sua causa. Iris tem a tarefa de impedir que o malévolo ciborgue Talos capture uma arma secreta que os humanos estavam construindo. Talos usa Iris para ativar a gigantesca máquina de guerra.
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