As Crianças Escolhidas estão em choque após a traição de Meicoomon, o monstro digital que recentemente entrou para o grupo junto com sua parceira humana, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi está determinado a diagnosticar a infecção que tomou o controle de Meicoomon.
Enquanto isso, Takeru Takaishi percebe que seu próprio parceiro, Patamon, está começando a apresentar sintomas alarmantes, semelhantes aos de outros Digimon infectados, como Meicoomon. Nesse momento, as Crianças Escolhidas recebem uma mensagem da misteriosa entidade Homeostasis.
A Homeostase informa que o mundo está em perigo de destruição total — e o Mundo Digital, lar dos Digimon, também. A Homeostase planeja implementar um "Reboot", que resetará todos os dados que compõem o Mundo Digital e erradicará a infecção.
No entanto, o Reboot também apagará as memórias de todos os Digimon, incluindo os parceiros das Crianças. As Crianças Escolhidas podem parar Meicoomon antes que o Reboot se torne necessário, ou este é o fim do tempo deles juntos com seus Digimon?
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