A Estação Virtual funciona como laboratório dedicado à coleta e pesquisa de DNA. Usando as informações obtidas, combinadas com fragmentos antigos, o mundo antigo foi reconstruído virtualmente. Yui faz parte dos Gene Divers e entra nesse universo retro para coletar o DNA de espécies extintas na realidade. No entanto, um incidente ocorre: ao tentar sair durante uma manutenção, em vez de retornar à vida real, ela é transferida para outro presente virtual. Neste novo ambiente, gerado por um sistema fora de controle, uma espécie inteligente que evoluiu a partir de roedores—os puglaistigs—existe. Eles veem os humanos como uma ameaça séria e tentam impedir a evolução humana por todos os meios.
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