Um ano e meio depois dos eventos do thriller psicológico original da ficção científica, Akane Tsunemori continua seu trabalho como inspetora, forçando os julgamentos do Sistema Sibyl. Juntam-se a ela novos colegas de trabalho e o inspetor júnior Mika Shimotsuki, uma jovem cega e inflexivelmente leal ao Sibyl.
Enquanto Akane pondera tanto a natureza de seu trabalho quanto a legitimidade dos vereditos do Sibyl, surge uma nova ameaça perturbadora. Uma figura misteriosa descobriu uma maneira de controlar o Coeficiente de Crime, um número compilado a partir de varreduras mentais que permite ao Sibyl avaliar a saúde psicológica e identificar potenciais criminosos.
Através desses meios, ele é capaz de matar um executor, deixando para trás uma pista enigmática: "WC?" rabiscado em sangue em uma parede. Akane e o resto da Divisão 01 logo se encontram jogando um jogo mortal contra seu novo inimigo, enfrentando uma conspiração que ameaça não só a autoridade do Sistema Sibyl, mas também as próprias convicções de Akane.
