Em janeiro de 1999, o aprendiz de mago Azaka Kokutou — irmã mais nova de Mikiya — recebeu a missão da mentora Touko Aozaki de investigar um incidente em que fadas roubam as memórias dos alunos da Academia Reien, onde ele estuda. Com a ajuda de Shiki, Azaka começa a desvendar o mistério.
