Na cidade de Fuyuki, está prestes a começar uma longa batalha de sangue e morte: a Quinta Guerra do Santo Graal. Rin Toosaka, estudante do ensino médio que treinou toda sua vida para se tornar um mago capaz de dominar essa guerra, finalmente pôs os pés na batalha ao chamar seu servo conhecido como Archer. Enquanto isso, descobriu que Shirou Emiya, um dos seus conhecidos, também está envolvido nessa guerra.
Rin se oferece para formar uma aliança com ele por enquanto e, à medida que os dois se aproximam, ela começa a aprender mais sobre o destino e ideais de Shirou. No entanto, seu objetivo continua o mesmo: ganhar a relíquia onipotente que pode cumprir os desejos daqueles que são vitoriosos após a guerra - o Santo Graal.
