A.D. 2016, as fundações da humanidade foram reduzidas a cinzas pelo Rei Mago Salomão. A Caldéia, uma organização secreta de magos com o objetivo de preservar o futuro da humanidade, previu a extinção da humanidade em 2015. Com isso, começou a operação para reparar as Singularidades na história causadas por Holy Grails dispersas pelo tempo e espaço - Operação Grande Ordem. Usando a tecnologia de viagem no tempo Rayshift, o último mestre de Chaldea, Ritsuka Fujimaru, e seu demiservo Mash Kyrielight, viajaram e resolveram seis Singularidades. Agora, eles partem para seu destino mais perigoso ainda: uma civilização na Era dos Deuses, B.C. 2655 Mesopotâmia.
Ritsuka e Mash logo descobrem que feras demoníacas vagam pela terra, atacando pessoas e cidades. Em meio ao caos e ao terror está a última defesa da humanidade, Uruk, uma cidade fortaleza que age como a linha de frente para a batalha contra as feras. A frente de batalha é comandada pelo Rei Gilgamesh, o Rei dos Heróis, que procurou ajuda de Espíritos Heróis e assumiu o papel de um mago para proteger sua cidade. Junto com Gilgamesh e os servos convocados, Ritsuka e Mash devem proteger Uruk contra o ataque dos animais mágicos e derrotar a Aliança das Três Deusas que visa erradicar a humanidade, enquanto isso, uma ameaça maior se aproxima de Uruk, preparando-se para seu despertar.
