Takashi Natsume e seu companheiro espiritual Madara, conhecido como "Nyanko", continuam a devolver os nomes dos espíritos do Livro dos Amigos dados por sua falecida avó Reiko Natsume. Em um dia após a escola, Takashi encontra um espírito à espreita chamado Monmonbou, que lembra memórias da avó de Takashi depois de ouvir seu nome.
A curiosidade natural de Takashi o leva a explorar uma cidade misteriosa onde sua avó morava. Lá, ele faz amizade com Yorie Tsumura e o filho de Yorie, Mukuo. Juntos, eles revelam mais detalhes do passado de Reiko Natsume.
Enquanto isso, Nyanko se desvia para comer e acaba tropeçando em uma suspeita "Semente Espiritual". Milagrosamente, a semente brota em uma árvore frutífera durante a noite. Deslumbrado pela fruta, Nyanko consome-a e se divide em três.
Takashi e seus amigos precisam encontrar uma solução para a situação de Nyanko. No processo de busca por ajuda, eles acabam descobrindo mais segredos que a cidade mantém guardados.
