Para as jovens bruxas de todo lugar, a lendária Shiny Chariot permanece como o ícone mais venerado e famoso. À medida que crescem, suas opiniões mudam: agora a mera menção à Chariot faz com que uma bruxa seja vista apenas como criança. Mesmo assim, indecisa em sua admiração cega por ela, Atsuko Kagari se matricula na Luna Nova Magical Academy, sonhando um dia ser tão fascinante quanto seu ídolo.
A academia não é tudo diversão e brincadeiras que Atsuko imaginava: há palestras enfadonhas, professores rigorosos e colegas que zombam de Chariot, atormentando o campus. Juntamente com sua própria inaptidão em magia, ela parece apenas uma estudante rebelde. Mas quando surge a chance de provar a todos, ela aceita, e agora cabe a ela impedir um dragão furioso antes que ele destrua toda a escola.
Pequena Bruxa Academia é uma das quatro obras de anime que receberam 38 milhões de ienes (cerca de US$ 480 000) do Projeto de Treinamento de Jovens Animadores de 2012. Assim como em 2010 e 2011, o grupo de animação recebeu 214,5 milhões de ienes (US$ 2,65 milhões) da Agência de Assuntos Culturais do governo japonês, distribuindo a maior parte desses recursos para estúdios que formam jovens animadores.
O sucesso do filme levou o Studio Trigger a lançar um Kickstarter para financiar uma sequência, que ultrapassou sua meta.
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