Shinichi Kudou, estudante do ensino médio com talento extraordinário para o trabalho de detetive, já ganhou notoriedade ao resolver diversos casos desafiadores. Um dia, ao observar dois homens suspeitos e decidir segui-los, ele acaba testemunhando uma atividade ilegal chocante. Quando é pego no ato, os homens o drogam com uma substância experimental criada pela organização criminosa, deixando-o para morrer. Para seu próprio espanto, Shinichi sobrevive, mas agora está em um corpo de criança de sete anos. Mantendo sua inteligência original intacta, ele oculta sua verdadeira identidade de todos, inclusive de sua amiga de infância Ran Mouri e do pai, detetive particular Kogorou Mouri. Assim, assume o pseudônimo Conan Edogawa, inspirado nos autores Arthur Conan Doyle e Ranpo Edogawa. Como Conan, Shinichi começa a resolver em segredo os casos de Mouri por trás das cenas com suas ainda excepcionais habilidades investigativas, enquanto busca desvendar a organização que lhe causou essa condição na esperança de reverter o efeito da droga algum dia.
