Em um dia frio de dezembro, Kyon chega à escola preparado para outro passeio com seus companheiros da Brigada SOS. No entanto, para sua surpresa, ele descobre que quase tudo mudou completamente: Haruhi Suzumiya e Itsuki Koizumi não estão em lugar nenhum; Mikuru Asahina não o reconhece; Yuki Nagato é um humano comum, sem qualquer traço de ser uma androide; Ryouko Asakura retornou misteriosamente.
Embora ele não seja estranho ao sobrenatural, Kyon está perturbado por esta mudança de eventos e decide investigar sozinho. Encontrando-se como a única pessoa que está ciente da realidade anterior, Kyon agora enfrenta uma escolha difícil: finalmente viver a vida normal que sempre quis ou tentar descobrir uma maneira de voltar as mãos do tempo e restaurar seu mundo caótico e familiar.
