Chika Homura começa seu ensino médio com um objetivo claro: desenvolver uma personalidade "garota bonita". Depois de deixar o time de vôlei, apesar de ser a estrela da equipe, Chika decide se juntar ao subestimado Wind Instrument Club da escola e tocar flauta. Ela acredita que esse instrumento seja o mais delicado e feminino, e isso a faz sentir mais confiante em sua aparência.
Pela primeira vez em nove anos, Chika se reúne com sua amiga de infância e oposta total, Haruta Kamijou. Infelizmente para Chika, Haruta não é enganada por seus esforços para se tornar mais cativante. Mas isso não dissuade Chika, e ela desenvolve uma paixão pelo instrutor da banda, Shinjirou Kusakabe - mas Haruta também! No entanto, a vida escolar de Chika não vai de acordo com o plano, pois mistérios começam a aparecer em torno dela e seus amigos. Os membros do clube devem trabalhar juntos para resolver os mistérios que assolam a escola, enquanto tentam encontrar mais membros para competir em competições musicais.
