O ano é 20XX. Os ninjas, que um dia moldaram a história do Japão, foram espalhados pelo país durante a Restauração Meiji. Conforme esses guerreiros se misturavam com outros clãs, sua linhagem desaparecia e eles foram gradualmente ficando invisíveis. Para preservar essa herança, os descendentes desses clãs fundaram a WNA (World Ninja Association), na esperança de manter viva a tradição. Assim, a WNA desenvolveu o Ninja‑Gum, uma técnica que pode canalizar a força dos shinobis. Contudo, para criar o Ninja‑Gum mais potente é preciso o DNA ninja mais forte. Por isso foi organizado o Torneio Ninjala, onde se buscava encontrar o ninja mais poderoso de todos.
