Após a tentativa fracassada de recuperar as Lanças de Longinus pelo NERV e realizar o Projeto Instrumentalidade Humana, a destruição causada pelo Quarto Impacto foi amplamente evitada. Em um estado de desordem, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami e Rei Ayanami se dirigem à Vila 3, um assentamento de sobreviventes que escapou da ruína da Terra. Lá, Shinji lentamente chega a um acordo com seu passado, desenvolvendo uma vida completamente diferente das suas dias como piloto Evangelion.
Enquanto isso, o NERV faz preparativos para continuar o Projeto Instrumentalidade por meio de um novo Impacto. Quando o navio aéreo principal da WILLE chega à aldeia, Shinji decide embarcar, acreditando que pode ajudar pilotando um Evangelion. À medida que novos segredos são descobertos e uma batalha entre WILLE e NERV se aproxima, o futuro da Terra está em jogo. Shinji pode salvar a humanidade e o resto do mundo uma última vez?
