Em um mundo devastado pelo fim do mundo, o último reduto humano no Japão é a cidade fortemente fortificada de Tóquio-3. Shinji Ikari, com 14 anos, é levado à sede do Nerv, uma organização secreta liderada por seu pai, Gendou. Ele pede que Shinji se torne piloto de um "Evangelion", um androide gigante construído para lutar contra criaturas alienígenas monstruosas e destrutivas conhecidas como "Anjos" que causam estragos no planeta e ameaçam a sobrevivência da raça humana restante. Embora inicialmente relutante, Shinji é influenciado pela ideia de se reconciliar com seu pai e concorda em ajudar na luta perigosa da humanidade contra sua ameaça alienígena, como piloto da Unidade Evangelion-01.
Empurrado para o meio de um campo de batalha perigoso, Shinji precisa encontrar a coragem necessária e decidir enfrentar as incursões dos Anjos antes que seja tarde demais.
